蛋白酶与碱性食物相克
因为胃蛋白酶在pH1.5~2.5时活动性较强，在pH>5时全部失效，所以过食碱性食物（如菠菜、胡萝卜、黄瓜、苏打饼干、茶叶）会降低本品疗效。
胃蛋白酶与茶相克
慢性萎缩性胃炎由于胃酸分泌不足以及消化液分泌不足常有消化不良，需配合服用多酶片、胃蛋白酶以助消化，而茶水中的鞣酸可与蛋白质发生化学作用，会使其活性减弱以致消失而影响疗效。
胃蛋白酶与动物肝脏相克
因肝中所含的铜元素与胃蛋白酶中的酶蛋白质氨基酸分子结构上的酸性基因形成不溶性沉淀物，降低药物的疗效。