一般豆类富含蛋白质、脂肪等，在种子萌芽过程中，即可生成一些新的营养素，但同时也降低了某些原有的营养成分，尤其维生素是极不稳定的。所以食用豆芽菜要抓住在营养上既产生了新的成分，同时又未大量损失原来营养成分的这个最佳食用期。可以说豆芽选用不可过长，一般绿豆芽在芽长2厘米作用，黄豆芽在刚露芽时营养价值最好，芽过长会损失掉豆类的蛋白质、碳水化合物、矿物质等成分。维生素开始发芽时表现为增多，当芽多长后就转为下降趋势。据测定，绿豆芽达10厘米长时，各类营养素损失20%，其中维生素C损失更多，达74%以上。黄豆芽稍长则不如大豆本身营养价值高，所以我们忙着培养豆芽，结果白白损失了一些营养成分，岂不可惜。
再者，烹调豆芽时一定要选用旺火急炒，不可加热过度且常常用调料醋来调味，这样既保存了豆芽的脆嫩感，又保护了豆芽菜中极易流失的维生素C。
在市场上选购豆芽时不宜买过长的，更不要买使用化肥等催长的，烹调时也应注意避免营养素的损失只有这样才能更好地从豆芽菜中吸取营养。